日光温室等保护地番茄病害种类多，危害重，随着栽培面积的不断扩大及多年种植，病害发生呈现出新的规律性，老病害逐步加重，新病害相继出现，且常常多种病害同时发生，交替出现，危害更加猖獗，防治愈来愈困难，能否有效防治番茄病害已成为制约番茄栽培成败的关键因素。
　　 一、日光温室番茄病害发生新特点
　　 （一）土传病害发生普遍而严重温室一旦建成，重茬连作不可避免，每年换土又不现实，易造成土壤中病菌的积累。如枯萎病、菌核病及根结线虫病等在许多温室、大棚内均成为主要病害，并有蔓延之势。
　　 （二）低温高湿病害发生重 日光温室内的小气候可调节范围有限，良好的肥水管理加重棚内湿度，客观上会促进许多喜低温、高湿病害如灰霉病、晚疫病等猖獗发生，成了秋冬茬日光温室番茄高产栽培的主要限制因子，自1994年以来，每年使日光温番茄减产30％～50％左右，有的年份高达80％～90％。
　　 （三）细菌性病害及病毒病日趋严重 长期以来，一直注重对真菌类病害的防治，而使细菌性病害、病毒病乘虚而入，逐步加重。如细菌性疮痂病、溃疡病、青枯病和软腐病等均呈加重趋势；病毒病也由主要危害叶片，转向危害果实。
　　 （四）新病害不断出现 特殊的栽培环境，良好的生态条件促成了一些新病害相继出现，并成了保护地番茄生产中新的制约因素，如红粉病、圆纹病等均给防治工作增加了难度。
（五）生理性障害复杂而危害严重 日光温室内的温湿度等可调节范围有限，一旦遭遇恶劣天气条件，会造成棚内湿度大、地温偏低、通风不良等，从而影响番茄的正常生长，影响根系对养分的吸收，造成植株生长失调而表现出多种生理性病害，并加重生物性病害发生。例如低温障碍、生理性早衰、肥害、气害等。
　　 二、无公害防治措施
　　 保护地番茄病害发生具有复杂性和不确定性，任何一种病害一旦发生，则难于控制，应很好地贯彻“预防为主、综合防治”的方针，尽量减少化学农药的使用。
　　 （一）农业防治 1.选用抗病品种：这是防治各病害最经济有效的途径，尤其对于一些难于防治的病害更能收到事半功倍的效果。例如选用抗病毒病的双抗2号、中蔬4号、强丰、早魁等；从荷兰引进的抗根结线虫病的GC779、W733等新品种。2.合理施肥：科学施肥，推行配方施肥、测土施肥，依据番茄生理需求施肥，要施足有机肥，避免偏施氮肥，增施磷钾肥，适时叶面施肥，防止植株早衰、增强抗病能力。3.改善栽培设施：日光温室应尽可能提高标准，改善通风透光条件，张挂反光膜；采用无滴膜，减少结露现象；全膜覆盖，膜下灌水，最好在棚内建蓄水池并实行滴罐，以有效降低空气湿度，避免地温过度降低，减少病害发生和流行的可能性。4.合理间套作与轮作倒茬：连作重茬会造成养分失衡与匮乏，造成菌源积累，加重许多病害发生。可通过科学栽培加以调节，减轻病害发生，如番茄地混种韭菜，可防治番茄根腐病、萎蔫病；番茄与茼蒿同穴栽可抑制番茄枯萎病；与葱蒜类和十字花科类轮作，可有效控制枯萎病和早疫病等。5.清洁田园：前茬作物收获后要彻底清除病株残体和杂草，深翻土壤，减少室内初侵染源；发病后及时摘除病花、病果、病叶，或拔除病株，带到室外销毁，可有效控制病害蔓延。6.换土改造：连作几年后，土壤盐化及土传病害加重，可采取去老土换新土的方法来解决。方法是铲除耕层表土，换上无毒肥沃的大田土。
　　 （二）生物防治 1.应用生物技术：可采用转基因等生物技术培育抗病品种；对病毒病可通过生长点培养培育无毒苗，并采用病毒疫苗，例如使用中国农科院微生物研究所研制的弱毒疫苗N14在番茄1～2片真叶分苗时，将洗去土壤的幼苗浸在疫苗N14的100倍液中30分钟，然后分苗移栽，可产生免疫力。2.使用生物农药：如立枯病可用木霉菌0.5kg掺细土50kg混匀，然后撒在病株茎基部，每亩用药1.5kg，能有效控制病情；青枯病可用72％农用链霉素或新植霉素可溶性粉剂2500～3000倍液喷雾或灌根。
　　 （三）生态防治 不同病害适宜的温湿度不同，应依据不同温室内的具体情况，科学管理，控制温湿度。尽量保持较低的空气湿度，避免出现高温高湿及低温高湿的环境条件，温度一般白天控制在20～25℃，夜间13～15℃，适温范围内，采取偏低温管理；合理通风，适时浇水，改善光照条件等。
　　 （四）物理防治1.温汤浸种：用50～55℃温水浸种10～15分钟，可有效防治多种种传病害。2.土壤消毒：抓住春秋茬之间的夏闲高温期翻地晒棚，进行土壤消毒，方法为每平方米铺4～6cm麦草1kg，加石灰氮0.1kg，深翻20cm，然后田埂间灌满水，用旧塑料薄膜盖上，密闭10～15天后，地表温度可升到50～60℃，灭菌及杀线虫效果显著。
　　 （五）化学防治 在熟悉病害种类，了解农药性质的前提下，对症下药；适期用药，讲究施药方法，选用高效、低毒、无残留农药，把化学防治的缺点降到最低限度，生产无公害蔬菜。